Le champignon qui vide les montagnes

Les amphibiens sont les vertébrés les plus menacés de la planète. En 2023, un bilan mondial portant sur plus de 8 000 espèces en classait 40,7 % comme menacées [3]. Grenouilles, crapauds, tritons, salamandres : quatre sur dix.

Un champignon microscopique y a pris une grande part. Il s’appelle le chytride. Il infecte la peau de l’animal. Chez beaucoup d’espèces qui ne l’ont jamais croisé, il tue. Sur 2004-2022, la maladie qu’il cause est la première raison pour 89 % des espèces passées au statut « possiblement éteinte » [3]. Ce n’est pas la seule menace. Depuis 2004, le climat et la perte d’habitat expliquent plus de dégradations de statut que la maladie [3].

Le champignon vient d’Asie de l’Est. Là-bas, des grenouilles sauvages le portent sans tomber malades [4]. Le commerce mondial d’amphibiens a contribué à l’emporter sur les autres continents [4]. Il y a trouvé des espèces sans défense.

Un refuge entouré de terres sèches

Santa Marta fait exception. Le massif est isolé, entouré de basses terres chaudes et sèches. Ces plaines font probablement barrière, comme la mer autour d’une île [1]. La barrière n’est pas étanche : certains modèles jugent une partie de ces plaines favorable au champignon [2].

Le refuge reste fragile. À une vingtaine de kilomètres, dans une autre chaîne de montagnes, un échantillon d’eau a livré la lignée pandémique du champignon, que l’étude qualifie d’« hypervirulente » [1, 2]. Une seule détection, dans l’eau, pas sur un animal. Mais elle est là.

L’enjeu est grand. Le massif compte au moins 48 espèces d’amphibiens [2]. Selon les auteurs, l’arrivée du champignon pourrait en faire disparaître 25 qui n’existent nulle part ailleurs [1].

Les auteurs ont aussi cherché la trace d’une épidémie passée inaperçue. Les gènes de 19 crapauds d’un même site ne montrent aucun signe d’effondrement ancien [1, 2]. Une seule espèce, un seul site, mais rien ne contredit l’absence.

Trois espèces, trois réactions

L’équipe a voulu savoir ce qui arriverait si le champignon passait la barrière. En laboratoire, elle a mis en contact trois espèces du massif avec la lignée pandémique [1, 2]. Les chiffres de ces essais viennent d’une version de l’étude pas encore relue par d’autres chercheurs [2].

La première, une petite grenouille de ruisseau, n’a pas tenu. Les six animaux infectés ont tous atteint le stade terminal de la maladie en moins de sept semaines [2]. La deuxième, une salamandre, a survécu presque entièrement. Mais elle a gardé le champignon sur sa peau, de plus en plus chargée. Elle pourrait donc le transmettre aux autres [2].

La troisième est un crapaud arlequin, Atelopus laetissimus. Aucun n’est mort pendant l’essai. Deux sur neuf se sont même débarrassés de l’infection. Chez cinq autres, la charge du champignon remontait en fin d’essai [2].

La nouvelle compte. Le genre Atelopus est l’un des plus frappés au monde. Ce résultat reste une première mesure : quelques animaux, des adultes seulement, une seule lignée, en laboratoire. Ce qui protège ce crapaud n’est pas encore connu.

Ailleurs, des survivantes qui se défendent mieux

Santa Marta n’est pas le seul signe d’espoir. Dans d’autres régions, des populations ont été frappées, puis sont reparties en partie. C’est une minorité : 12 % des espèces en déclin montrent des signes de reprise, le plus souvent modestes [18].

Au Panama, des espèces se rétablissent alors que le champignon reste aussi dangereux qu’au début de l’épidémie. Certaines ont aujourd’hui des défenses plus efficaces qu’avant son arrivée [5]. Le microbe n’a donc pas faibli. Pour les auteurs, la reprise pourrait venir d’un changement des défenses chez certaines espèces [5].

En Australie, une petite rainette des montagnes a été exposée au champignon en conditions contrôlées. Les animaux d’une population touchée depuis longtemps ont une défense immunitaire plus solide dès le début de l’infection [6].

À l’échelle du monde, 57 espèces d’amphibiens ont vu leur situation s’améliorer sans aucune aide humaine. La plupart avaient décliné à cause du chytride [3].

Ce que les survivantes apprennent aux sauveteurs

Ces grenouilles qui résistent ouvrent des pistes concrètes.

En Californie, dans le parc de Yosemite, des grenouilles à pattes jaunes ont été prises dans des populations qui se rétablissaient. De 2006 à 2020, elles ont été relâchées 24 fois, sur 12 sites. Elles se reproduisent sur 9 d’entre eux [7]. Les auteurs estiment qu’il faudra une dizaine d’années de suivi pour confirmer le résultat. La part de l’hérédité n’a pas été mesurée.

Ailleurs, des abris chauffés par le soleil attirent des grenouilles menacées. Leur corps y monte assez en température pour éliminer l’infection. Une fois guéries ainsi, elles résistent ensuite au champignon, même au frais [8]. Le résultat vient d’essais contrôlés. Son effet sur une population sauvage reste à démontrer.

À Majorque, une équipe a réussi à chasser le champignon de quatre mares sur cinq, en traitant les têtards et le milieu. Le résultat tenait encore deux ans plus tard [9]. Un cas simple, avec une seule espèce sur place. Ce genre de réussite dans la nature reste rare [9].

Tout ne marche pas. En Californie, un essai a appliqué une bactérie protectrice sur la peau de grenouilles. En un mois, elle était retombée à son niveau de départ, sans protéger les animaux [10]. Le bilan mondial de 2023 constate qu’aucune mesure ne protège encore à coup sûr les populations sauvages contre la maladie [3]. D’où la priorité des auteurs pour Santa Marta : empêcher le champignon d’entrer. Contrôle des visiteurs et du matériel, surveillance continue, et élevages de secours montés avec les habitants et les peuples autochtones du massif [1, 2].

Et dans les mares françaises

Le champignon est déjà en France. Dans l’ouest des Pyrénées, il tue chaque année en masse des alytes, ou crapauds accoucheurs [11]. Au lac d’Arlet, le crapaud épineux a disparu localement en 2013, une chute que les auteurs attribuent à la maladie [11]. Un second chytride, qui tue les salamandres, a touché plus de 130 foyers en Belgique, en Allemagne, aux Pays-Bas et en Espagne [12]. Aucun cas n’est connu en France. Mais en 2024, des spécialistes de l’Office français de la biodiversité écrivaient qu’il n’y avait pas de recherche effective de ce champignon sur le territoire [17].

La porte commerciale, elle, est ouverte. Ce second champignon est probablement arrivé en Europe par le commerce d’animaux de compagnie [12]. Les règles européennes qui imposaient test et certificat aux salamandres vendues ont expiré fin 2022. Et dans la plupart des pays européens, la certification sanitaire est largement absente [12]. La France n’a pas de plan national contre ce champignon [12]. La loi prévoit pourtant des plans d’action pour les espèces protégées, quand leur situation le justifie [16]. C’est au ministère chargé de la protection de la nature d’en décider.

Les gestes de terrain comptent aussi. Un amphibien trouvé malade ou mort se photographie sans être ramassé. La photo et le lieu précis partent au réseau SAGIR de l’Office français de la biodiversité, dans son service départemental [13, 14]. Son adresse : sagir (a) ofb.gouv.fr [14]. L’adresse de signalement citée par l’État en 2023 ne fonctionne plus [15].

Les espèces protégées ne se capturent ni ne se transportent, vivantes ou mortes [16]. Les animaux transportés font partie des voies par lesquelles le champignon gagne un site neuf [2]. Un amphibien de compagnie ne se relâche donc pas dans la nature [12]. Entre deux sites humides éloignés de plus de 500 mètres, la Société herpétologique de France recommande à ceux qui fréquentent les mares de nettoyer puis désinfecter bottes et matériel, à l’alcool à 70° par exemple [13].

À Santa Marta, le champignon n’est toujours pas entré. Pour les auteurs, c’est le dernier grand refuge connu des amphibiens de montagne d’Amérique tropicale encore épargné par le champignon [1, 2].

Sources

1. The chytrid fungus threatens the last epidemiologically naive Neotropical montane amphibian biodiversity hotspot. Current Biology (Cell Press) (2026-10)
2. Imminent invasion of the chytrid fungus threatens the last naive amphibian biodiversity hotspots (prépublication, version 1). bioRxiv (2026-02-04)
3. Ongoing declines for the world's amphibians in the face of emerging threats. Nature (2023-10-04)
4. Recent Asian origin of chytrid fungi causing global amphibian declines. Science (2018-05-11)
5. Shifts in disease dynamics in a tropical amphibian assemblage are not due to pathogen attenuation. Science (2018-03-30)
6. Evolution of resistance to chytridiomycosis is associated with a robust early immune response. Molecular Ecology (Wiley) (2018-02)
7. Reintroduction of resistant frogs facilitates landscape-scale recovery in the presence of a lethal fungal disease. Nature Communications (2024)
8. Hotspot shelters stimulate frog resistance to chytridiomycosis. Nature (2024-06-26)
9. Successful elimination of a lethal wildlife infectious disease in nature. Biology Letters (Royal Society) (2015)
10. Effectiveness of antifungal treatments during chytridiomycosis epizootics in populations of an endangered frog. PeerJ (2022)
11. Climate forcing of an emerging pathogenic fungus across a montane multi-host community. Philosophical Transactions of the Royal Society B (2016)
12. Inconsistent Strategies to Mitigate the Effects of Batrachochytrium salamandrivorans, Europe. Emerging Infectious Diseases (CDC) (2026-07)
13. Protocole d'hygiène pour limiter la dissémination des agents infectieux des amphibiens sur le terrain. Société herpétologique de France (2025)
14. Le réseau SAGIR. Office français de la biodiversité (2026)
15. Rapport oral de la France au groupe d'experts de la convention de Berne sur les amphibiens et reptiles. Conseil de l'Europe (2023-09-26)
16. Code de l'environnement (articles L411-1 et L411-3). Légifrance (2026-10-06)
17. Biosécurité en milieu humide : bonnes pratiques d'intervention sur les amphibiens sauvages. Naturae, Muséum national d'Histoire naturelle (2024)
18. Amphibian fungal panzootic causes catastrophic and ongoing loss of biodiversity. Science (2019-03-29)